学习的过程漫长而严格，假设一名新入寺的僧人只有十来岁，他会被编入预备班，诵读8种经文。待其表明决心，愿意深造，才能进入第一个扎仓——设在却依拉殿的显教扎仓，学习“五部大论”，这相当于哲学、逻辑学和基础佛教知识。学习方式主要是学僧之间、学僧和师傅之间互相出题辩论。这个阶段需要15到20年。

　　第二个阶段是以洞阔尔殿为殿堂的时轮扎仓。在这里，学僧除了修习佛法，还学习数学、天文、历法、占卜等，学期10到15年，毕业后可获得“却尔吉”称号，就是法师。